La PJCI surge de un grupo de jóvenes adultos, llamado la Fraternidad Juvenil Católica, en enero del 2003 bajo la necesidad de una organización juvenil a nivel parroquial. El propósito de la misma era representar a la juventud católica isabelina a nivel diocesano. En ese momento, el párroco, quien era padre "Chelo", nombró a Victor "Tory" Nieves como presidente. Desde ese entonces, la Pastoral Juvenil, quien está encargada de representar a dos parroquias (San Antonio de Padua y Nuestra Señora del Carmen) se mantuvo en pie y todo esto se dió gracias a Dios a la ayuda y apoyo que nos brindaron los sacerdotes y párrocos de la Orden Trinitaria en Isabela (P. Chelo, P. Elías (QPD), P. Guillermo, P. Manuel, P. Alex, P. Fredy, P. Giovanni, P. Francisco, P. Germán, entre otros). También fue de gran ayuda y utilidad los asesores adultos que siempre nos apoyaron. Para septiembre del 2003, como iniciativa de los jóvenes y sus asesores, se crean los retiros "Pazalo" los cuales hoy día se continúan haciendo, y para la gloria de Dios ya han sido más de 25retiros en los pasados 10 años.

​

     A la Pastoral Juvenil se le han dado la encomienda de evangelizar a los jóvenes, y lo hemos logrado mediante actividades tales como retiros, misas de jóvenes, talleres de formación, torneos de baloncesto, dramas, conciertos, grupos de jóvenes, bohemias en la playa, reflexiones en la naturaleza, Adviento Juvenil, Pentecostés Juvenil y la tradicional Pascua Juvenil. La pastoral ha contado con 6 presidentes: Victor "Tory" Nieves, Gabriel "Gabillo" Maldonado, Luis "Peje" Vélez, Vanessa Mercado, Manuel "Pila" Román y nuestro presidente o coordinador actual, Javier "Javy" Gutiérrez.